Родился в 1952 г. в Киеве. Отец, Григорий Баумштейн — юрист, сотрудник аппарата областной прокуратуры, мать, Елена Виленская — известная пианистка. В 1973 г. окончил Житомирское музыкальное училище по классу скрипки и был принят в оркестр Литовской оперы. С 1978 по 1987 гг. работал настройщиком фортепиано Госконсерватории Литовской ССР. В 1980 г. подал заявление на выезд, разрешение было получено в 1987 г. В Израиле в 1989 г. дебютировал отрывком из романа «Наша жизнь». С 1989 г. работал корректором-стилистом в журнале «Круг». С 1990 по 1995 г. — выпускающий редактор «Пятницы», литературно-публицистического приложения к газете «Наша страна». Редактором приложения с 1991 по 1995 г. работала Дина Рубина. С 1995 г. по настоящее время Сергей Баумштейн работает сторожем. В 2000 г. работал литературным редактором в газете «Вести». В 1996 году открыл издательство Pilies Studio, выпустившее к настоящему моменту свыше 50 наименований книг и журналов на русском языке, в числе которых «Последний кабан из лесов Понтеведра» Дины Рубиной, «Станция Березай» Георга Морделя, «Художники» и альбом-монография «Русские примитивы» Григория Островского. Среди прочего издательство также выпускало местную газету «Маале Адумим» и общинный бюллетень Объединения выходцев из Украины в Израиле. Pilies Studio специализируется на выпуске русских книг малым тиражом. Автор романа «Искусство узких квинт».

Автор Портала с 2004 года.